Ledock是一款分子對(duì)接軟件，這款軟件支持大規(guī)模虛擬篩選，其運(yùn)行速度快，Ledock分子對(duì)接依據(jù)配體與受體作用的“鎖-鑰原理”，模擬小分子配體與受體生物大分子相互作用，從事相關(guān)科研工作的朋友可能會(huì)用到。

使用方法

　　軟件有兩個(gè)選項(xiàng)卡，其中LePro用于分子蛋白處理，可去除蛋白中的離子、金屬、水分子等，會(huì)生成分子對(duì)接要用到的IN文件。在確定了對(duì)接參數(shù)后，可使用LeDock項(xiàng)目來進(jìn)行分子對(duì)接。

　　一、蛋白準(zhǔn)備

　　在LePro標(biāo)簽的Protein input中選擇3cl0.pdb的路徑(注意路徑中不能含有中文)，然后軟件會(huì)自動(dòng)在選擇在該路徑下生成pro.pdb(處理過后的蛋白的pdb文件)及dock.in(用于下步分子對(duì)接的參數(shù)文件)，點(diǎn)擊Add Hydrogen，上述2個(gè)文件就會(huì)立馬生成。dock.in文件包括了均方根偏差(RMSD)，Binding pocket及Number of binding poses。RMSD表示對(duì)接出來的構(gòu)象聚類時(shí)RMSD的截?cái)嘀?Binding pocket表示結(jié)合位點(diǎn)的3維坐標(biāo)，分別為Xmin Xmax，yminymax，Zmin Zmax;Numberof binding poses表示生成的構(gòu)象個(gè)數(shù)，經(jīng)聚類后產(chǎn)生的構(gòu)象數(shù)會(huì)少于之前所生成的數(shù)目。

　　二、分子對(duì)接

　　在LeDock標(biāo)簽的Protein input，Docking input中分別指定上一步生成的pro.pdb與dock.in文件的路徑，在Ligand input中指定需要進(jìn)行對(duì)接的配體——lig.mol2的路徑(該路徑需和前兩個(gè)文件的路徑相同，且對(duì)接的分子需要為mol2格式)。最后，點(diǎn)擊Start docking，會(huì)生成Iig.dok文件(對(duì)接產(chǎn)生的化合物構(gòu)象所在文件)，該文件可用Pymol來觀察化合物的構(gòu)象。