MEGA進化樹官方版是一款功能極為強大的分子進化遺傳分析軟件，MEGA進化樹官方版全稱：Molecular Evolutionary Genetics Analysis。它是一款專業的進化樹軟件，用于分析來自物種和種群的DNA和蛋白質序列數據，可用于序列比對、進化樹推斷、估計分子進化速度、驗證進化假說等。

MEGA進化樹軟件特色

　　1、【序列分析】

　　系統發育推論

　　型號選擇

　　約會和時鐘

　　祖傳國家

　　選擇和測試

　　序列比對

　　2、【統計方法】

　　最大似然

　　距離方法

　　普通最小二乘

　　最大的簡約

　　復合似然

　　貝葉斯

　　3、【強大的視覺工具】

　　對齊/跟蹤編輯器

　　樹探索者

　　數據探索者

　　傳奇發電機

　　基因復制向導

　　時間樹向導

MEGA進化樹安裝步驟

　　1.雙擊打開軟件，點擊下一步

　　2.選擇安裝路徑

　　3.等待安裝完成就可以使用了

使用方法

　　1、首先根據提示安裝好軟件之后，準備需要建樹的序列，并將序列保存為fasta格式。

　　2、打開MEGA7，點擊Align--Edit/built Alignment，選擇Create a new alignment，點擊ok。

　　3、打開剛剛保存下來的fasta序列。

　　4、點擊Alignment –Align by ClustalW ，選擇所有序列，出現下圖，參數根據需求修改，在這我們就直接選擇默認，點擊ok。

　　5、比對完成后，點擊Data –Phylogenetic Analysis，出現下圖坐標箭頭指向的兩個按鈕。

　　6、點擊Phylogeny，有5個構建進化樹的方法，一般選擇MaximumLikehood(最大似然法)、Neighbor-Joining(鄰接法)和Minimum-Evolution(最小進化法)方法，在此選擇選擇Neighbor-Joining(鄰接法)建樹。

　　7、在Test of Phylogeny 選擇Bootstrapmethod; No.ofBootstrap replications 輸入2000; Mode/Method 核酸選擇Maximum Composite Likehood, 氨基酸序列選擇Poisson model; Rates among sites 選擇Uniform rates; Gaps/Missing Data Treatment 選擇Compeledeletion, 點擊Compute得到下面結果，根據自己的需求對樹進行修飾。